В 2000 году по инициативе городского головы Анатолия Кучеренко на базе Педагогического лицея Педуниверситета была создана команда «Тернополь-Нива-2», которая стала фарм-клубом тернопольской «Нивы». В сезонах 2000/01 и 2001/02 клуб выступал во второй лиге. В начале 2002 года команда сменила название на ФК «Тернополь». По итогам сезона 2001/02 из первой лиги вылетела «Нива» и поэтому ФК «Тернополь» как фарм-клуб потерял профессиональный статус и был расформирован. С 2003 года команда под названием «Буревестник» стала выступать в высшей лиге Тернопольской области, представляя Тернопольский педагогический университет.

В 16 мая 2007 команда отделилась от «Нивы» и оформилась в отдельный клуб — «Тернополь-Буревестник». В том же году команда завоевала первый трофей — стала чемпионом области. Менее богатым на титулы выдался для команды 2008 год. Потеряв несколько основных игроков основы (Степан Клекот, Андрей Дубчак, Игорь Козелко и Михаил Горлицкий пополнили ряды второлигового «Подолье», которое в том сезоне заняло третье место в первенстве), за весь год команда смогла разжиться только областным суперкубком, одолев теребовлянский «Бровар» со счетом 3:1. Однако победили теребовлянцы представителей областного центра в кубке области, выбив соперников на стадии полуфинала (победа 1:0 на своем поле, и ничья 2:2 в Тернополе. Причем, два мяча «Бровар» провел в заключительные 5 минут игры).

 2009 год стал триумфальным для клуба: в мае подопечные Василия Ивегеша и Анатолия Назаренко завоевали серебряные награды чемпионата Украины среди студентов, проиграв в серии послематчевых пенальти «Факелу» из Ивано-Франковска. А потом «Тернополь» завоевал титул чемпиона Европы среди студентов, обыграв в финале тот же «Факел» — 1:0. Кроме того, в этом году команда выиграла «золотой дубль», став чемпионом и обладателем кубка области. В следующем году тернопольские футболисты снова стали серебряными призерами чемпионата Украины среди студентов (тернополяне уступили по пенальти киевскому «МАУП-Единство»), а в европейском первенстве завоевали бронзовые награды (команда в полуфинале уступила по пенальти будущему победителю — стамбульскому «Халиджу»). На областной арене клуб также повторил прошлогодний успех, получив «золотой дубль», а также выиграл суперкубок области. В том же году команда дебютировала в чемпионате Украины среди любителей.

 Осенью 2011 года, после того как команда третий раз подряд выиграла чемпионат области, депутаты Тернопольского городского совета приняли решение создать юридическое лицо — коммунальное предприятие «Футбольный клуб «Тернополь», после чего клуб подал в ПФЛ Украины заявку на прохождение процедуры аттестации, чтобы получить возможность принять участие в турнире второй лиге чемпионата Украины. В июне 2012 года заявка клуба в ПФЛ была принята и «Тернополь» включили в состав участников второй лиги в сезоне 2012/13. По итогам сезона 2013/14 «Тернополь» вышел в Первую лигу. В том же сезоне команда дошла до рекордной стадии — 1/4 финала — в Кубке Украины.

 Статистика официальных выступлений

Сезон	Лига	Поз	И	В	Н	П	З	П	О	Кубок Украины
2000/01	Вторая, гр. «А»	11 из 16	30	8	7	15	26	52	31	−
2001/02	Вторая, гр. «А»	15 из 19	36	9	8	19	26	49	35	−
2012/13	Вторая, гр. «А»	3 из 11	20	11	2	7	31	20	35	1/64
2013/14	Вторая	3 из 19	36	20	11	5	56	27	71	1/4
2014/15	Первая	11 из 16	30	11	8	11	33	49	41	1/16
2015/16	Первая	15 из 16	30	6	7	17	18	47	22	1/8
2016/17	Первая

Достижения

Бронзовый призер второй лиги Украины (выход в первую лигу): 2013/14

Чемпион Тернопольской области: 2007, 2009, 2010, 2011

Обладатель Кубка Тернопольской области: 2009, 2010

Обладатель Суперкубка Тернопольской области: 2008, 2010, 2011, 2012

Серебряный призер всеукраинской студенческой лиги: 2007, 2009, 2010, 2012

Серебряный призер универсиады: 2007

Чемпион Европы среди студентов: 2009

Бронзовый призер чемпионата Европы среди студентов: 2010