В 1992 году энтузиастами на базе известной футбольной школы «Смена» был создан футбольный клуб, который уже в первый год существования получил право играть в чемпионате Украины среди коллективов физкультуры. Команда начала выступать под названием «Смена», впоследствии ее название изменялось - «Оболонь-Смена», «Оболонь-ПВО», а с 2001 года коллектив получает нынешнее название «Оболонь». В сезоне 1993/94 клуб дебютировал в первенстве КФК и сразу занял третье место в своей группе. А уже в следующем году команда стала первой в группе и получила право играть во второй лиге украинского чемпионата, перейдя, таким образом, в ранг мастеров.

Четыре сезона клуб играл во второй лиге, постепенно приспосабливаясь и набираясь опыта: сезон 1995/96 - 4 место, сезон 1996/97 - 4 место, сезон 1997/98 - 5 место, сезон 1998/99 - 1 место). Таким образом, сыграв четыре сезона, команда получила право играть в первой лиге. Несмотря на все старания коллектива удержаться в первой лиге по окончании первенства 1999/2000 она заняла 16 место среди 18 команд, которая не позволила остаться во второй по рангу лиге Украины. В 1999 году титульным спонсором клуба стал концерн «Оболонь» - известный в Украине производитель пива и сладких напитков, а почетным президентом клуба стал народный депутат Украины Александр Слободян. Перед коллективом была поставлена задача как можно быстрее вернуться в первую лигу. На должность главного тренера был приглашен известный специалист Владимир Мунтян. Также создан «дубль» команды - с сезона 1999/2000 «Оболонь-2» выступает во второй лиге Украины. Всего за 2 сезона - 2000/01-2001/02 - «Оболонь» прошла путь от второй до высшей лиги. Мунтян одержал уверенную победу во второй лиге и был среди лидеров первой, однако в декабре 2001 г. тренер покинул киевский клуб, чтобы возглавить российскую «Аланию». В начале 2002 года главным тренером «Оболони» впервые стал Петр Слободян – в течение следующих сезонов специалист сумел стать одним из символов клуба. Петр Петрович с перерывами возглавлял команду с 2002 до 2008 год. Киевляне заняли третье место в первой лиге 2001/02 и вышли в высшую лигу, поскольку тот год «вышку» расширили с 14 до 16 команд и из первой лиги вышло аж 3 клуба. «Пивовары» провели в высшей лиге три сезона: 2002/03, 2003/04 и 2004/05. Достижением стало 6-е место в сезоне 2003/2004. Благодаря стабильному финансированию клуб ежегодно является фаворитом первой лиги, но три сезона подряд (2005/06-2007/08) команда не могла пробиться в высший дивизион. Например, в сезоне 2007/08 «Оболонь» ушла на зимний перерыв на первом месте, но потом уступила первое место «Ильичевцу» и ФК «Львов». Сезон 2008 | 2009 выдался для «оболонцев» более удачным и команда наконец-то смогла одержать долгожданную путевку в Премьер-лигу. Главным тренером «Оболони» стал Юрий Максимов, который смог сплотить коллектив и улучшить взаимодействие между футболистами. Благодаря различным тренерским экспериментам, открылись новые таланты игроков, а команда достигла поставленной цели.